Через год Киллиан получает звание майор в контртеррористической группе Девятый отдел, где она работает вместе с оперативниками Бато, Тогусой, Сайто и другими под руководством Дайсукэ Арамаки. Основной задачей отдела является остановка опасных преступников и экстремистов. Однако в процессе работы Киллиан начинают преследовать галлюцинации, которые Уэлет называет сбоями, а также она плохо помнит своё прошлое. Команда успешно прекращает террористическую атаку на бизнес-конференцию Hanka, в которой Киллиан уничтожает роботизированную гейшу, убившую заложника. Мира и Бато, с помощью консультанта Далина, узнают, что гейша была взломана человеком по имени Кудзэ. Киллиан нарушает протокол, пытаясь проникнуть в искусственный интеллект гейши. Сущность сопротивляется, и Бато вынужден отключить её. Используя собранную Мирой информацию, они выслеживают хакера в ночном клубе, где попадают в ловушку. Взрыв в клубе ослепляет Бато и серьезно повреждает тело Киллиан. Каттер возмущается действиями Киллиан и угрожает Арамаки закрытием отдела, если его сотрудники продолжат нарушать инструкции.

Кудзэ преследует доктора Далина и убивает её. Команда связывает эту смерть с другими исследователями компании и осознает, что следующей целью Кудзэ является доктор Уэлет. Кудзэ захватывает контроль над двумя санитарными рабочими, использующими мусоровоз, и отправляет их убить Уэлет. Бато, теперь с кибернетическими глазами, устраняет одного из них, тогда как отремонтированная Киллиан лишает второго сознания. Во время допроса команда слышит голос Кудзэ, после чего рабочий совершает самоубийство. Тогуса отслеживает скрытое место, где команда обнаруживает множество людей, связанных между собой сетью временных сигналов. Мира оказывается в плену у Кудзэ, и она узнает от него личную правду о своём прошлом: она не первый эксперимент, а 99-й киборг, при попытках поместить человеческий мозг в кибертело все предыдущие эксперименты заканчивались неудачно. Hanka Robotics уничтожала все следы своих прошлых опытов, но Кудзэ удалось сбежать. Кудзэ признаётся, что его цель - месть компании, и отпускает майора, которая отправляется на поиски своего прошлого.

Мира посещает доктора Уэлет, которая признается, что воспоминания внушены ей, тем самым подтверждая слова Кудзэ и опровергая смерть родителей Киллиан от рук террористов. После этих открытий Мира запирается в себе и скрывается от всех сотрудников. Затем она попадает в ловушку оперативников военизированного подразделения Hanka и доставляется в лабораторию. Каттер, заявляя, что Киллиан вышла из-под контроля, заставляет Уэлет ввести ей смертельный яд. Вместо этого Уэлет, сочувствуя Мире и уверенная, что она "больше, чем человек", вводит истинные воспоминания в её мозг, отпускает её и передаёт ключ от квартиры, где "лежит её прошлое". Мира сбегает, а Каттер убивает Уэлет. Однако на совещании с членами отдела он обвиняет сбежавшую Киллиан в этом убийстве. Затем он сообщает Арамаки и команде, что Киллиан должна быть уничтожена любым способом.

Тем временем Майор приходит в квартиру одинокой японской женщины средних лет, которая рассказывает ей, что её дочь Мотоко Кусанаги была против технологий и вела анти-технологическую пропаганду. Затем Мотоко сбежала, когда в дом пришла полиция, и затем её объявили мертвой и похоронили. Мира осознаёт, что её настоящее имя - Мотоко. Она уходит и, следуя воспоминаниям, находит укрытие, где она пряталась с единомышленниками, прежде чем её похитили люди Hanka для экспериментов. Рядом со своим бывшим убежищем Киллиан встречает Кудзэ, затем вспоминает, что они скрывались вместе. Затем к храму прибывает боевой паукообразный танк - новая разработка Hanka, которым лично управляет Каттер. Танк наносит серьезные повреждения обоим киборгам, однако Майору удается вскрыть его броню, отрывая левую руку в процессе. Смертельно раненный Кудзэ предлагает Киллиану присоединиться к нему в побеге из этого мира, но она отказывается, заявляя, что он всегда будет с ней. Затем Кудзэ оказывается под прицелом снайпера из вертолёта, посланного Каттером. Однако Сайто подбивает вертолёт, и он разбивается. Бато

Кайл Дэвис из Paramount считал, что смешанные реакции были вызваны контроверсией вокруг актёрского состава, подчеркнув сложность баланса между уважением к источнику и стремлением понравиться широкой аудитории. Deadline Hollywood предположил, что прохладная приёмка связана с тем, что фильм казался неинтересным и устаревшим по сравнению с такими футуристическими проектами, как "Матрица" и "Бегущий по лезвию", и предположило, что создатели скрыли фильм от ранних рецензий, понимая его неудачность.

Майкл Филлипс из Chicago Tribune дал картине 3 из 4 звёзд, отметив серьёзный подход к теме андроидов и добавив, что в фильме есть и захватывающие моменты. Брайан Труитт из USA Today оценил фильм в 1,5 из 4, говоря о неудачной реализации и пропущенных возможностях. Манола Даргис из The New York Times выразила сожаление отсутствием глубоких вопросов и критиковала недостаток уникальной атмосферы. Николас Барбер из BBC нашёл фильм концептуально и визуально впечатляющим. Джеймс Хэдфилд из The Japan Times считал, что несмотря на проблемы, картина получилась лучше других голливудских попыток адаптации аниме. На Yahoo! Movies Japan фильм получил 3,24 из 5 звёзд, с высокой оценкой за визуальные эффекты и хорошей за сюжет. The Hollywood Reporter отметил, что рейтинг адаптации на Yahoo! Movies Japan оказался выше, чем у оригинального аниме 1995 года.